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Insieme allArea marina protetta, la riserva naturale orientata completa il regime di tutela dellisola di Ustica, un ambiente straordinario per suggestione e varietà. Sulla terraferma, i biotopi di maggiore interesse sono costituiti da lembi di macchia mediterranea, di flora rupestre e di vegetazione legata agli ambienti ricchi di salinità, insediata sugli scogli battuti dalle onde.
La flora annovera infatti oltre cinquecento specie tipiche: dal vilucchio allerba lombrica, dal lino al trifoglio, dal cappero alla camomilla marina, dal finocchio di mare al limonio, fino allolivastro, il lentisco e la ginestra che costituiscono fitte aree di vegetazione arbustiva.
Altrettanto rilevanti dal punto di vista naturalistico sono, però, le valenze geologiche, paesaggistiche ed in particolare faunistiche dellarea protetta.
Delle poche specie di animali terrestri presenti, poiché la fauna ovviamente risente dell’isolamento dovuto all’ampio tratto di mare circostante, si possono citare il toporagno di Sicilia, il discoglosso dipinto, raro anfibio che vive solo in poche regioni mediterranee, ed alcune specie di pipistrelli.
Proprio tale isolamento ha determinato le peculiarità faunistiche tipiche di Ustica: largiope, un ragno dalla elegante livrea a strisce che tesse tele particolarmente grandi, specie gli individui femmina, e lapis mellifera sicula, sottospecie la cui distribuzione naturale comprende solo alcune aree della provincia di Trapani, la cui presenza ha dimostrato che, durante le glaciazioni dellultimo quaternario, non fu solo la penisola iberica a dare rifugio alle api del gruppo mediterraneo.
La più evidente valenza faunistica risiede però nella presenza di avifauna sia quella stanziale sia quella migratoria, la quale nei due periodi di migrazione autunnale e primaverile, trova nellisola un luogo fondamentale di sosta e di rifocillamento. Una varietà non elencabile poiché si tratta di centinaia di specie, tra le quali diciotto solo di rapaci, come hanno attestato le attività dellOsservatorio Ornitologico della riserva, in collaborazione con la Stazione dInanellamento Siciliana.
Intorno al gorgo salato, la maggiore zona umida dellisola, è possibile incontrare le specie migratrici legate allhabitat degli stagni temporanei mediterranei, tra le quali è doveroso citare la cicogna, almeno per il suo tradizionale significato augurale.